2006年の夏、5年生の尾崎竜平は、父親の昇平が小学生のときに書いた「大東京地下探検記」というノートを見つけ、チャット仲間の俊と義雄を誘って新しく探検隊を結成する。夏休みのある日、勝手についてきた弟のサスケとともに、地図に記された秘密の宝物を探すべく、竜平たち探検隊はマンホールから地下へと降りるが……。