インカ帝国遺跡“マチュピチュ”を訪れた冬樹とケロロ小隊は遺跡を発見するもトラップに遭い脱出するハメになるが、冬樹は迷路の中で1人の少女を見掛ける。謎の少女を疑問に思いながら東京に帰った冬樹とケロロ小隊の前に、姿はケロロに似ているがケロロと違い迅速かつ冷徹に地球侵略を企てる“ダークケロロ”が現われる。
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