くだらない侵略作戦を実行しては夏美たちに邪魔される日々を送るケロロ軍曹だったが、ある日、謎の巨大物体“竜のしっぽ”が世界中に突如現われる、その正体を探るため、世界各国へでケロロ小隊は調査活動を開始するが、タママ二等兵がパリで行方不明になってしまい、消息を追うケロロ一行たちも、フランスへとやってくる。