深海獣レイゴーと戦艦大和との戦いから60年以上の年月が流れた現代、日本近海にクジラの群れを追ってきた謎の巨大生物が現われる。やがて巨大生物を攻撃するため、台東防衛隊が政府の要請によって出撃。F-16編隊のミサイル攻撃で巨大生物は劣勢に追い込まれていくが、同時に東京・浅草の街も戦火に包まれ住民たちは逃げまとう。
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