デュエルによってネオ童実野シティを守る不動遊星は、世界を破滅させようとしているパラドックスに自分のエースモンスター、スターダスト・ドラゴンを奪われてしまう。タイムスリップした遊星は、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代、伝説のデュエリストである武藤遊戯と協力して、パラドックスと戦うことを誓う。