“シャアの反乱”から3年後のU.C.0096、一年戦争から続く戦乱の世はジオン共和国の自治権放棄を数年後に控え、表面上は平穏を取り戻していた。工業コロニーに住む少年バナージは、ある日、オードリーと名乗る謎の少女と出会う。最高機密の“ラプラスの箱”取引を止めようとする彼女にバナージは協力するが、同じく取引を阻止しようとする地球連邦軍と通称袖付き(ネオ・ジオン残党軍)との戦闘で、コロニーは戦場と化してしまい……。
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