1954年の日本。太平洋沖で船舶遭難事故が発生。何度も行われた水爆実験によって太古の生物が目覚めて暴れたことが原因だった。その凶暴な怪獣は、ゴジラと名付けられる。やがてゴジラは東京を襲い始め、人間側が反撃するも成すすべがない。一方、古生物学者の山根(志村喬)の娘・恵美子(河内桃子)とフィアンセのような関係である芹沢博士(平田昭彦)は、ある研究に没頭しており……。
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