時代が大きく変わろうとしていた幕末、江戸では官軍と幕府軍が壮絶な戦いを繰り広げていた。そんな中、町外れで医師をしている長庵は、幕府軍の真之介（藤間宇宙）とその宿敵である官軍の吉衛門（ユキリョウイチ）の命を救う。侍二人は診療所で治療を受けるが、折しも戦いに勝利した官軍が幕府軍の残党狩りを始め……。
