ポケモンの居住施設、ポケモンヒルズが完成まであと少しとなった大都会ニュートークシティにやって来たサトシとピカチュウたち。すると突然、赤いポケモン・ゲノセクトが出現。3億年前の化石が兵器となって復活したゲノセクトはサトシたちを攻撃。そこに現れたのは伝説のポケモン・ミュウツーだった。ゲノセクトとミュウツーはこの世界に存在するはずのないポケモンというかなしき宿命を背負い激突する。
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