宇宙から来た謎の生き物キュゥべえの力によって、どんな願いでも一つだけかなえる代わりに魔法少女となった鹿目まどかは、魔女と戦うほかの魔法少女たちの悲しい姿を見て、魔女が存在しない世界を願った。彼女の願いはかない世界は改変されたが、魔女の代わりに魔獣がはびこるようになり、魔法少女の暁美ほむらは戦闘の継続を胸に決める。その後、月日は流れ魔法少女の美樹さやか、巴マミ、佐倉杏子、ほむらは、ナイトメアと呼ばれる怪物退治に精を出していた。あるときほむらは、戦いをこなしていくうちに疑問を感じるようになる。
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