八神太一ら“選ばれし子どもたち”がデジタルワールドへ渡った冒険から6年、八神ヒカリたちがベリアルヴァンデモンと戦ってから3年が経過。デジタルワールドへのゲートは閉じ、彼らは平和な日々を送っていた。ある日、クワガーモンが出現し街を壊してしまう。17歳になった太一はクワガーモンを見かけ、その暴走を止めようと追走。クワガーモンが太一を襲撃してきたその瞬間、デジヴァイスが光を放ち始め……。