伝説の忍者がいる「夢の忍者ランド」に招待されたアカニンジャーこと伊賀崎天晴(西川俊介)らニンニンジャー。しかし、妖怪ワニュウドウによる幻覚で天晴たちはピンチに陥ってしまう。そこに現れた烈車戦隊トッキュウジャーが、「夢の忍者ランド」は「闇忍者ランド」で、トッキュウジャーの敵・シャドーラインの残党で闇博士のマーブロ(山里亮太)が、忍者のクローンを作るべくニンニンジャーを呼び出したのだと言い……。