自ら扇動して起こした「暁の蜂起」後に地球へと向かったシャア・アズナブルは、不思議な力を備えた少女ララァ・スンと出会う。一方、RX-78開発計画を進めようとするアムロ・レイの父テム・レイは、月に亡命したジオンのモビルスーツ開発の鍵を握るミノフスキー博士を追い掛ける。そして月面では、人類史上かつてないモビルスーツの決戦が行われようとしていた。