リブートによってデジモンたちが記憶を喪失。八神太一たちは、メイクーモンの暴走に苦しむ望月芽心を残し、それぞれのパートナーデジモンに会うべくデジタルワールドへ向かう。デジモンとの絆を取り戻そうとする彼らの前に、なぜか記憶を残しているメイクーモンが出現。メイクーモンは涙を浮かべ、芽心を捜していた。そんな中、ダークマスターズを従えた男が出現し、さらに現実世界では姫川マキの行方がわからなくなってしまう。