体感シミュレーションゲーム「コクーン」の発表会会場に招かれたコナン、蘭、灰原は、政財界など各界を代表する招待者の子供たちに紛れ込んで「コクーン」に乗り込む。一方会場では「コクーン」を作った最高責任者・樫村が何者かに殺され“ノアズ・アーク”と名乗る人工頭脳が「コクーン」のコンピュータに入り込んできた。
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