謎の男の依頼で横浜へとやって来た小五郎とコナンたち一行。しかし、その男は罠を仕掛け、蘭や少年探偵団たちを人質に取ってしまう。タイムリミットは12時間。その間に依頼された事件の真相を解かなければ、蘭たちに取り付けられた爆弾が爆発すると脅される。さらに、その男はコナンの正体が工藤新一である事を知っていて……。
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