巨大な隕石が地球に衝突したことにより、海水が干上がってしまうという未曾有の事態が発生した。秘密機関ZECT<ゼクト>に属する仮面ライダーカブトらは、人類を危機から救うべく立ち上がるが、ワームと呼ばれる正体不明の地球外生命体に行く手を阻まれてしまう。
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