かつて地球侵略にやって来たマロン星人の子孫メール王子と従者のマールは、長い年月の間に二人きりになってしまう。プリンセスを迎えて王国を建て直そうと考えた彼らが候補に選んだのは、ケロロ軍曹が居候する日向家の長女、夏美だった。謎の海底王国にさらわれてしまった夏美を救うべく、ケロロたちは立ち上がるが……。
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