4世紀、エジプトのアレクサンドリア。女性天文学者のヒュパティア(レイチェル・ワイズ)は、あふれる知性と美ぼうを持ち、弟子たちに慕われていた。一方、アレクサンドリアではキリスト教が急速に広まっていき、ついにはキリスト教徒たちに古代の神々を侮辱された科学者が、彼らにやいばを向ける事態に発展してしまい……。
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