国際テロ組織コブラの一員ザルタン(アーノルド・ヴォスルー)がアメリカの大統領(ジョナサン・プライス)に成り済まし、宿敵である機密部隊G.I.ジョーの抹殺命令を下す。パキスタンで任務に就いていたG.I.ジョーの面々は壮絶な襲撃を受け、ロードブロック(ドウェイン・ジョンソン)をはじめとする数名を残して壊滅。彼らが絶体絶命に陥っている中、コブラは世界の主要都市を侵略し、ついには核爆弾をロンドンへと落下させる。コブラと戦いたくとも為すすべのないロードブロックたちは、G.I.ジョー初代長官のジョー(ブルース・ウィリス)の助けを得ることにする。
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