ガミラスの威力偵察を回避しようとワープアウトしたヤマトの前に、ガミラス大艦隊が現れる。ドメルの策略にはめられたヤマトだったが、かろうじて危機を脱出。そして、古代たちは地球に近い環境を持つ惑星ビーメラを調査する。その遺跡からイスカンダルの情報を入手し、滅びた文明の亜空間ゲートを利用することで数万光年の大跳躍ができることを知り……。