高さ635メートルを誇るベルツリータワーのオープニングセレモニーに出席し、東京を見渡せる展望台からの景色に胸を躍らせるコナンたち。そんな中、一発の弾丸が強固なガラス窓を貫通し男性の胸を撃ち抜く。騒然とする状況下で、コナンと女子高生探偵・世良真純はFBIを巻き込む形でスナイパーを追い掛けるものの、すんでのところで逃げられてしまう。警察、FBI、コナン、世良が調べを進めていく過程で、海軍特殊部隊ネイビーシールズと事件の関連が浮上。さらに謎めいた大学院生・沖矢昴の暗躍も……。
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