ニューヨークの片隅に立つアパートに暮らす、寡黙で孤独な男レオン（ジャン・レノ）。その正体はすご腕の殺し屋で、トニー（ダニー・アイエロ）という男の仲介を経て暗殺を行っていた。そんなある日、彼の隣室に暮らす一家をスタンフィールド（ゲイリー・オールドマン）とその部下たちが惨殺する。たまたま外出していた12歳になる一家の娘マチルダ（ナタリー・ポートマン）は、異変を感じてレオンの部屋へ向かって救いを求める。彼女をかくまったレオンは、そのまま一緒に生活を送ることになり……。
