トップハム・ハット卿の怒りを買ってしまったトーマスは、ほかの現場で働くことに。ところが、小型機関車のライアンと一緒に働いていたトーマスは、工事現場の地下にある秘密の洞窟に落下してしまう。船乗りのジョンは、洞窟で見つけた海賊船を引き上げたトーマスを、海から見ていた。トーマスは、失われた海賊の宝物を探していたジョンや帆船のスキフらと宝探しの冒険に乗り出す。