ハリー（ケラン・ラッツ）は、優秀なCIAエージェントである父レナード（ブルース・ウィリス）の後を追い、CIAに入局してアナリストとなった。現場に出たいと異動願いを出しては却下され続ける中、世界を震撼（しんかん）させる能力を誇るハッキング装置コンドルの移送任務にあたっていたレナードがテログループに捕らわれたのを知る。ハリーは上司からの待機命令を破って彼の救出を決意し、女性エージェントのヴィクトリア（ジーナ・カラーノ）の助けを借りながら調査を進め……。
