第2次世界大戦の最中、カリフォルニア州の漁村で暮らす8歳の少年ペッパー(ジェイコブ・サルヴァッティ)は、村で一番背が低いことから周囲に“リトル・ボーイ”と言われていた。そんなペッパーは、父親ジェイムズ(マイケル・ラパポート)のようになりたいと思っていた。ある日、扁平足で入隊できない兄(デヴィッド・ヘンリー)に代わり父が徴兵されてしまい……。