宇宙世紀0079年。世界中のおよそ半数の人々を亡き者にしたブリティッシュ作戦・コロニー落としを行ったジオン公国軍では、ザビ家が陰謀を企てる中、シャア・アズナブルがエースパイロットとなっていた。一方、地球連邦軍も強大な戦力で劣勢を跳ね返そうとしていた。さらに、リベンジに燃えるシャアは、後に“赤い彗星”と呼ばれるようになるほどの活躍を見せ……。