第十一番惑星の岩塊に埋もれたヤマトの上に、ガトランティスの増援艦隊が出現する。波動砲を封印したヤマトには、この状況を打破するすべがなかった。そんな中、惑星シュトラバーゼにたどり着いたヤマトを待っていたように、ガミラスに革命を起こそうとする反乱軍がシュトラバーゼを襲撃する。さらに古代進は、ガトランティスの意思を体現する男にある選択を迫られ……。