皇歴2017年。日本は神聖ブリタニア帝国によって支配され、地名はエリア11、日本人はイレヴンと呼ばれていた。人質だったブリタニア帝国の皇子ルルーシュは戦後正体を隠してエリア11で暮らしていたが、謎の少女C.C.と出会い、絶対遵守の力“ギアス”を手にする。力を得たルルーシュはブリタニアに復讐(ふくしゅう)するため、反逆者ゼロとしてレジスタンス・黒の騎士団を率い……。