王子タミーノは岩山で蛇に襲われたところを夜の女王の侍女たちに救われ、彼女たちからザラストロに連れ去られた夜の女王の娘パミーナを救ってほしいと懇願される。パミーナの肖像画に心奪われた彼は、“魔法の笛”を持ってパミーナの救出に出向く。ところが悪人だと聞いていたザラストロは光の世界を治める高僧で、夜の女王と反目し合っており……。