巨人の餌食となった母を目にした過去を持つエレン・イェーガーは、巨人との戦いの中で自らが巨人の姿になってしまう。それでも人類の自由のために巨人の力を戦いに注ぎ、ウォール・シーナのストヘス区での戦いでは女型の巨人と激突する。さらにウォール・ローゼに巨人の大群が襲来し……。