冬木市で10年ぶりに聖杯戦争が始まる。聖杯戦争の御三家といわれる間桐家の当主・間桐臓硯が加わり、英霊(サーヴァント)として真アサシンを召喚する。さまざまな魔術師(マスター)とサーヴァントが倒れていく中、戦いに参加する衛宮士郎もサーヴァントのセイバーを失うが、間桐桜を守るため戦い続ける。