葛城ミサトら元ネルフの職員が結成した、反ネルフ組織ヴィレの戦艦AAAヴンダー。その艦内で14年ぶりに目を覚ます碇シンジだが、初号機から発見されたのは自分一人で綾波レイの姿はなかった。そんな中、シンジを奪還しようとEVA Mark.09がAAAヴンダーを急襲。そこでレイの声を聞いたシンジはネルフへと向かい、渚カヲルに導かれて荒廃した大地の姿を目の当たりにする。やがて彼は、14年前にレイを助けようとしたことが原因で地球に甚大な被害を及ぼしたニア・サード・インパクトを起こしたことを知る。
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