カクレクマノミの子どもニモは、幻想的なサンゴ礁が広がるオーストラリアのグレートバリアリーフですくすくと育っていた。シングルファーザーのマリーンはことのほか一人息子をかわいがっていたが、ある日ニモが人間のダイバーに連れ去られてしまう。最愛の息子を奪われ悲嘆にくれていたマリーンだが、意を決してドリーと一緒にニモの救出に向かう。
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