海上自衛隊によるイージス艦の体験航海を楽しむため、京都の舞鶴港沖にやってきたコナンたち少年探偵団一同。しかし突然、けたたましい音が鳴り響き、左腕を失った自衛隊員の遺体が見つかる。捜査に乗り出したコナンは、イージス艦にある国のスパイ“X”が紛れ込んでいることを突き止めるも、スパイの魔の手はコナンたちにも忍び寄っていた。
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