ある晩、虹色の竜巻が世界そのものを飲み込む現象が発生。その後世界は、全ての人たちが魔法を使用している、科学より魔法が発展した魔法使いの国になっていた。そんな中、操真晴人(白石隼也)は少年シイナから“金色の魔法使い”こと仮面ライダーソーサラー(陣内孝則)が竜巻を起こしたのではないかと聞き、真実を確かめるべくマヤ大王の居城・エメラルド城へ足を運ぶ。