ピカチュウやニャースたちの前に、鍵束のような形のクレッフィというポケモンが出現。空間に浮かび上がった鍵穴にクレッフィがコレクションしているという奇妙な鍵を差し込んでみると、まばゆい光があふれると同時に鍵穴が広がって不思議な世界が目の前に広がる。その鍵がさまざまな世界に連れて行ってくれることに気付いたピカチュウたちは、クレッフィが持っている鍵を次々と鍵穴に差していく。