神聖ブリタニア帝国から人質として日本に送られた皇子のルルーシュは、仮面の反逆者ゼロとして反ブリタニア勢力である黒の騎士団を強化していた。一方、幼なじみの枢木スザクは第3皇女ユーフェミアの騎士に任命される。ある日、ユーフェミアが行政特区「日本」の発足を発表。それは、黒の騎士団の存在意義がなくなることを意味し……。