戦いを終えてそれぞれの場所へ戻ったガッチャマン、テッカマン、ポリマー、キャシャーンだったが、彼らと界堂笑は再びガッチャマンの世界で合流する。その世界の様子に違和感を覚える彼らの前に現れた科学忍者隊の創設者・南部博士は、自らが彼らの敵であると告げる。それを科学忍者隊のサブリーダー、コンドルのジョーがビルの上から見ていた。