暴走するメイクーモンが暗黒進化したテイルモンを取り込み、とてつもない力を備えたオルディネモンに変化し、現実世界がデジタルワールドにのまれてしまいそうになる。石田ヤマトたちは、八神太一がいなくても世界を救うために奮闘していた。一方、ホメオスタシスはオルディネモンを処分すべく、ある計画を進めようとしており……。