東都、西都、北都による戦争が終結したことを受け、パンドラタワーに新政府が樹立されることになった。各首都には平和を維持するための新体制が築かれるが、その裏には仮面ライダービルドこと桐生戦兎(犬飼貴丈)を倒すための陰謀が隠されていた。やがて桐生は無数の人々からターゲットにされ、石動美空(高田夏帆)や滝川紗羽(滝裕可里)、仮面ライダークローズこと万丈龍我(赤楚衛二)からも追われる。