西暦2205年、歴史修正主義者たちが過去に攻撃を始める。政府に歴史を守るよう命じられた審神者は、歴史修正主義者から差し向けられた時間遡行軍と戦うためにかつての刀剣を復活させる。人の姿をしてよみがえった“刀剣男士”たちは、天正10年6月2日、歴史改変の危険が迫る本能寺の変を守り抜く。
