グアム島沖でアメリカの原子力潜水艦が消息を絶った。防衛軍准将の立花はゴジラの仕業ではないかと考えたが、軍の上層部は取り合わない。その頃、立花の娘・由里(新山千春)はTVの取材で謎の聖獣伝説を追っていた……。
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