アメリカ極秘スパイ機関“コントロール”が国際犯罪組織に襲撃され、スパイたちの身元が明るみになってしまう事態が発生。そこでコントロールのチーフ(アラン・アーキン)は、分析官のスマート(スティーヴ・カレル)をエージェントに昇格させ、整形したばかりの美女、エージェント99(アン・ハサウェイ)とコンビを組ませる。
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