1945年。マクベイ(ニコラス・ケイジ)が艦長を務める、アメリカ海軍の巡洋艦インディアナポリスに極秘任務が下される。それはアメリカ軍が太平洋戦争終結を目的に開発した原子爆弾を、テニアン島に輸送するというものだった。日本軍の猛攻をくぐり抜けて任務を遂行した彼らは、新たな目的地に向けて出航。だが、橋本少佐(竹内豊)が指揮を執る潜水艦に魚雷を撃ち込まれてしまう。必死の反撃もむなしくインディアナポリスは沈没し、マクベイをはじめとする生存者は太平洋を漂流する。
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