どんな願いでもかなえる願望機“聖杯”を巡って魔術師(マスター)と英霊(サーヴァント)が戦った“聖杯戦争”から10年が経ったが、冬木市で再び戦争が始まる。町に不穏な空気が流れだし、10年前に戦った衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は参戦を決めて、彼を慕う少女・間桐桜を自宅に泊めることにする。そして、士郎はサーヴァント・セイバーを召喚し、魔術師の遠坂凛と同盟を結んで戦いに挑む。