教師の市川新市(哀川翔)が目覚めると、東京の街はゼブラシティなる都市に変ぼうしていた。警官に発砲され意識を失った新市が再び目を覚ますと、ゼブラシティの犠牲者たちが集まるコミューンにいた。そこで15年分の記憶を失い、かつて自分が地球を救ったゼブラーマンだったことを知った新市はリハビリを開始するが……。
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