ケロロ軍曹にそっくりな不思議な像が、ある日、冬樹の元に何の予告もなく届いたため、ケロロ軍曹と冬樹はさっそく作戦を練り、行動を開始する。そして、ケロロ軍曹と冬樹は手掛かりを求めて向かったイースター島で、精霊のマナや双子のイオとラナに出会うが……。