1945年、ガリア・ロマーニャを異形の敵「ネウロイ」の襲撃から守ったウィッチたち。第501統合戦闘航空団こと「ストライクウィッチーズ」のメンバー、宮藤芳佳は戦いでウィッチとしての能力を失い、医者になることを決意。芳佳は医学の最先端・欧州へと向かうが、そのころ欧州ではウィッチたちがネウロイによる不審な動きを警戒しており……。
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