横浜みなとみらいでは、謎の怪物・フュージョンを倒したプリキュアたちの話題一色に染まっていた。そんな中、ひとりぼっちの転校生あゆみは謎の生き物と仲良くなる。しかし、その生き物はフュージョンのカケラだった。あゆみの嫌いなものを次々と飲み込んでしまうフュージョンのカケラのせいで、街や学校は大混乱。悲しむあゆみと街の平和のために、プリキュアたちが立ち上がる。
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